为了确认蓝魔鬼的行踪，X教授派出暴风女和琴葛蕾博士，前往波士顿进一步调查。但所有人都没料到，史崔克将军的特种部队抓住机会乘虚而入，发动奇袭重创了X学院，不但放走了万磁王，还逮捕了X学📾院中的学生并控制住了X教授。
在冲突中，金刚狼与史崔克将军的交锋，令金刚狼察觉到史崔克🐔⛌将军与自己过去的记忆有着千丝万缕的关系。但是记忆碎片的冲击却使金🛬🟠刚狼陷入记忆深处的混乱而失去了战斗力，直到小淘气、冰人、和火人📾赶来相救，才使他得以逃离险境。
但是，自以为躲过一劫的X战警们却还没有意识到，史崔克将军的真正目标并🕡不是学院中的学🖛📓生，而是X教授所使用的，可以找到世界上每一个变种人的X主脑！
史崔克将军的儿子杰森也是一名变😥种人，并曾在X学院中学习，代号“变种人143”，特有的意💓识操纵能🞗🔕力与X教授颇有渊源。但是，史崔克将军的邪恶野心却妄图利用自己儿子的超能力操纵X教授，控制X主脑来向世界各地的变种人发动脑波攻击。
与此同时，金刚狼等人🙊🈫🁓与琴葛蕾博士和暴风女在波士顿汇合，并且成功招募了蓝魔鬼，使X战警的队伍🙹🏐中又多了一名强有力的成员。
重获新生的X战警们来到冰人的家中，准备稍作休整。但🚓💻是，冰人的家人却可耻地背叛了自己的孩子，🙹🏐向政府报警而因此引来了军方的围堵，甚至连X战警乘🌠🀢坐的X战机也被军机击落！
就在千钧一发之际，感受到史崔克威胁的万磁王在紧💤📱要关头出现，令人意外地出手救下X战警，并且建🙹🏐议X战警与自己展开🌯🂤合作，共同对抗变种人共同的敌人--史崔克。
战斗的过程中琴葛蕾为了拯救🚵同伴被洪水淹🎺没在了湖底，但是X战警们也挫败了史崔克将军的阴🖀🏝🛃谋。
之后就是2006年美国政府通🍕🇼过复制一个具有可以抑🖕制变种人基因的🚢男孩的细胞研制出了可以使变种人失去能力的药物，这引起了变种人群体的巨大争议与恐慌。
万磁王借此机会四处🙓🍃宣扬美国政府将以此发动灭绝变种人的战争而召集各地😉的变种人加入⚕👒其变种人兄弟会。
另一方面，X战警发现了此前牺牲自救拯救众人的琴格雷，X🅿教授感受到了其体内黑暗人格“黑凤凰”的异动。
之后琴的力量暴走，X教授带领X战警与万磁王同时找到了琴。X教授决定凭借🇬自己的力量将琴从黑暗人格中拯救出来，却受到了琴黑暗人格的抵抗而灰飞烟灭，而琴则与万磁王一起离开。
绝望中的暴风女决定领导逆境中的X战警并继续维系变种人学院。金刚狼为了拯救琴深入变种人兄弟会，期间发现了万磁王意图，以🐢可以使变种人失去力量的男孩为目标，依靠变种人兄弟会与琴的力量向人类发动战争。
为了拯救黑暗中的琴，也为了化🍕🇼解人类与变种人的这💤📱场🖕互相灭绝的战争，金刚狼召集了X战警，决定与万磁王和变种人兄弟会展开一场殊死搏斗。
最后金刚狼万般无奈之下杀掉了琴。
杀死了琴之后💃的金刚狼心灰意冷之下，在位隐居💭🕂于加拿大的深山老林，但每日恶梦不断。⚕👒